Quando uma aventura acaba, outra começa. Esta se passa nas Ilhas Sevii, na região de Kanto! O protagonista? Red, da cidade de Pallet!!! Um envelope e uma mensagem que o Professor Carvalho deixou para Red e Blue faz com que os dois voem para Vermilion e embarquem em um navio que os levará para o arquipélago da região! Mas antes acabam sofrendo o ataque do Pokémon DNA, Deoxys!!